¿Las facturas electrónicas se pueden anular o borrar?

No, los comprobantes para los cuales se haya obtenido CAE no pueden ser eliminados o borrados, el proceso de autorización es definitivo y permanente.

A su vez, no puede haber saltos en la numeración (las autorizaciones deben ser correlativas) y las fechas deben ser siempre crecientes. En el caso de rechazos (si la AFIP no otorga CAE) el comprobante no es válido, por lo que no debe ser anulado pero si debe ser descartado.

Si por algún motivo se pierde la correlatividad con los datos informados a la AFIP, los webservices poseen métodos para recuperar el último número de comprobante emitido (ver ManualPyAfipWs).

Más información en Consultas Frecuentes AFIP sobre Factura Electrónica